Pada tahun 1980 Sekolah Teknik Negeri 2 Kelas Jauh (KJ dari STN 2 Jakarta Pusat) yang berada di Jalan Batu Ampar III Condet, Jakarta Timur merupakan cikal bakal SMP Negeri 239 Jakarta. Sebelum menjadi SMP Negeri 239 Jakarta, pada tahun 1982 STN2 KJ tersebut menjadi SMP Negeri 149 KJ. Tepatnay tangga 22 Desember 1989, SMP Negeri 149 KJ menjadi SMP Negeri 239 Jakarta yang beralamat di Jalan Batu Ampar III, Kramatjati, Jakarta Timur.

Lokasi yang kurang mendukung karena lahan yang sangat sempit dan masih bersatu dengan SMA Negeri 51 Jakarta, pada tahun 1994 SMP Negeri 239 Jakarta membuka kelas filial dengan menempati eks gedung SMA Negeri 109 jakarta yang berada di Jalan Nangka 58 tanjung Barat, Jagakarsa, Jakarta Selatan.

Pada tahun pelajaran 1995/1996 gedung SMP Negeri 239 Filial dibagun total sehingga kegiatan belajar mengajar dipindahkan ke SDN 09 dan SDN 10 Tanjung Barat. Satu tahun kemudian tepatnya pada tahun pelajaran 1996/1997 SMP Negeri 239 menempati gedung baru di Jalan Nangka 58, Tanjung Barat, Jagakarsa, Jakarta Selatan. Sejak tahun pelajaran itulah seluruh kegiatan belajar mengajar baik yang berada di Jalan Batu Ampar III, Condet, Kramatjati, Jakarta Timur maupun yang berada di SD Negeri 09 dan SDN 10 Tanjung Barat dipindahkan ke gedung baru tersebut.

Dari tahun ke tahun SMP Negeri 239 Jakarta selalu mengalami perkembangan/kemajuan, baik dari segi kualitas maupun kuantitas. Dari segi kualitas bisa diukur dari status akreditasi sekolah yang meningkat terus (terakhir status terakreditasi dengan nilai A), prestasi akademik maupun nonakademik dari peserta didiknya, serta fasilitas pendukung kegiatan belajar mengajar di sekolah, dan lain sebagainya.

Dalam kiprahnya di dunia pendidikan, mulai dari sejak berdiri sampai dengan saat ini SMP Negeri 239 Jakarta telah berhasil mengukir banyak prestasi terutama pada lingkup kecamatan dan kota, baik prestasi akademik maupun nonakademik.